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Lorsqu'il a opté pour un sujet de thèse en islamologie arabe à l'université de Genève, Tariq Ramadan a décidé d'étudier Hassan al-Banna, son grand-père, le fondateur des Frères musulmans égyptiens. Selon son directeur de thèse, Charles Genequand, l'intellectuel musulman aurait fait le forcing pour obtenir sa thèse, comme l'explique Le Point.

Charles Genequand a relaté que, dès le travail préparatoire, son élève de l'époque ignorait les violentes campagnes antisémites menées par la Confrérie.

En 1994, M.Genequand aurait donc demandé à M.Ramadan d'apporter de multiples corrections à ce travail mais l'étudiant aurait refusé.

Le Point cite ensuite le journaliste Ian Hamel, auteur de l'ouvrage La Vérité sur Tariq Ramadan. Sa famille, ses réseaux, sa stratégie. Selon lan Hamel, Ramadan aurait "harcelé les membres du jury pour obtenir [sa thèse] au plus vite." Il aurait même menacé un membre du jury: Ali Merad, professeur émérite à l'université de la Sorbonne Nouvelle Paris-III. Trois jurés ont démissionné. Pour se défendre, Ramadan aurait invoqué la théorie du complot. "C'est parce qu'il est Arabe que l'université lui refuserait sa thèse", écrit Le Point.

Ce serait grâce au soutien de Jean Ziegler, sociologue et à l'époque député socialiste au niveau fédéral, et de son épouse Erica Deuber-Ziegler, députée communiste au parlement genevois, et à leurs soutiens que l'université aurait plié. Selon Le Point, Tariq Ramadan militait à gauche, voire à l'extrême gauche, à l'époque.

Un second jury a donc été constitué et la thèse intitulée "Aux sources du renouveau musulman. D'al-Afghâni à Hassan al-Banna, un siècle de réformisme islamique" est finalement acceptée en 1999. Sans la mention "très honorable". Ce qui signifie que les facultés suisses lui ont été par la même occasion fermées.

Il peut néanmoins présenter sans être payé un exposé d'une heure par semaine à l'université de Fribourg. Cela lui ouvre les portes des universités en France.

La version de Tariq Ramadan n'est pas la même. Dans son ouvrage Faut-il faire taire Tariq Ramadan ?, l'intellectuel affirmait que Charles Genequand avait été désavoué.