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Le "grand" pape polonais Jean Paul II recueille une adhésion écrasante dans l'Eglise et le monde, mais certains relèvent des ombres au tableau et jugent que sa canonisation est prématurée, voire erronée. Condamnation sévère de la Théologie de la libération, protection de l'Eglise face aux accusations de pédophilie portées contre des prêtres et évêques, pouvoir trop personnel sont les trois principaux reproches. Si personne ne met en doute la stature mondiale du personnage, ces critiques reviennent comme des leitmotivs depuis que Benoît XVI a lancé le processus de canonisation, qui aboutira le 27 avril, sans attendre le délai prescrit de cinq ans après sa mort.

Ainsi le mouvement contestataire européen "Nous sommes l'Eglise" juge "tragique" chez Jean Paul II "l'écart entre son engagement pour les réformes, le dialogue dans le monde, et le retour en arrière qu'il a imposé à l'Eglise vers des structures centralisées". "Nous sommes l'Eglise" énumère: "autoritarisme dogmatique" contre des évêques, théologiens et religieuses contestataires, "inflation de canonisations", "vision rétrograde d'une Eglise centralisée", acceptation d'un "culte de la personnalité" contraire à l'Evangile, "pompe" et "cléricalisme".

Très populaire en Amérique Latine, le pape polonais y a aussi ses ennemis pour sa condamnation des évêques et théologiens "rouges", et souvent leur remplacement par des ultra-conservateurs peu sensibles à l'injustice sociale.

Même des évêques modérés ont pu se sentir incompris, tel l'archevêque de San Salvador Oscar Arnulfo Romero, assassiné en 1980 par un commando d'extrême droite. Après avoir été reçu par le pape polonais en 1979, il était sorti "détruit, affligé", selon le théologien italien Giovanni Franzoni. "Essayez de vous mettre d'accord avec le gouvernement", lui aurait conseillé Karol Wojtyla à propos des paysans sans terre. Au même moment, le pape polonais était reçu chaleureusement par des dictateurs anti-communistes comme le Chilien Augusto Pinochet.

Certains accusent également Jean Paul II d'avoir protégé l'institution face aux scandales pédophiles, fermant les yeux sur l'ampleur des crimes et refusant d'aller aussi loin que son successeur Benoît XVI dans une demande de pardon. Même s'il a condamné la pédophilie aux Etats-Unis dès 2002. Son long soutien au cardinal autrichien Hans-Hermann Gröer, objet d'accusations, lui a été reproché mais surtout au prêtre mexicain Marcial Maciel, reçu en audience encore en 2004, alors que les accusations de corruption et d'abus sexuels redoublaient contre le fondateur des Légionnaires du Christ.

Marqué par les campagnes calomnieuses des services secrets communistes contre l'Eglise polonaise, Jean Paul II refusait de croire les voix accusatrices.

Ses positions traditionnelles en matière de moeurs sont également critiquées, notamment son intransigeance sur le mariage, la sexualité, la famille, en décalage avec les évolutions sociétales. Des positions approuvées par certains catholiques, mais incomprises par les milieux libéraux occidentaux. Le refus du recours au préservatif alors que des millions de personnes en Afrique mouraient du Sida a choqué nombre de ses détracteurs.