Deux Belges ont fait partie des prisonniers de ce centre de détention entre 2001 et 2005. Ils avaient été interpellés au Pakistan et en Afghanistan peu après les attentats du 11 septembre. Les autorités américaines suspectaient en effet Moussa Zemmouri, d'origine marocaine, d'avoir été membre de la commission théologique de l'organisation terroriste du Groupe islamique combattant marocain (GICM), qui aurait été lié à al-Qaïda.

L'autre suspect incarcéré était un Bruxellois, d'origine turque, qui avait quitté la Belgique pour l'Afghanistan en 2000. Il vivait à Jalalabad dans une maison que les talibans employaient pour les personnes en transit. Les deux hommes avaient été libérés en 2005 sans avoir été jugés ni officiellement inculpés.

En Belgique, la chambre du conseil a décidé en 2009 de ne pas poursuivre les deux hommes, estimant qu'elle ne disposait pas de suffisamment d'éléments pour les renvoyer devant un juge. Moussa Zemmouri, auteur du livre "Innocent à Guantanamo", a cité l'Etat belge en justice, en 2010, car celui-ci ne lui serait pas suffisamment venu en aide. "La Belgique aurait dû intervenir dans cette affaire, mais a réagi trop lentement", estime l'avocat de M. Zemmouri, Walter Van Steenbrugge. La plainte fait actuellement toujours l'objet d'une enquête.