Comment le coronavirus a-t-il pu se propager à l'ensemble de la planète ? Face à la pandémie, il est parfois difficile d'imaginer la propagation d'un tel virus. Une plateforme permet de mieux visualiser la diffusion du covid-19 à travers le monde.

Grâce aux différentes données génomiques recueillies sur des milliers d'échantillons du virus, la plateforme Nextstrain permet de visualiser la chronologie de l'épidémie. Une animation affiche en accéléré la façon dont le virus s’est transmis d’un pays à l’autre. La plateforme publie également des rapports sur la situation génomique du virus dans plusieurs langues.

Jusqu'à présent, Nextstrain a pu extraire près de 1.500 génomes du coronavirus. Leurs données montrent que le virus mute tous les 15 jours en moyenne. Mais si le mot peut inquiéter, les mutations ne rendent pas toujours le virus plus nocif. Dans ce cas, les changements dans le code génétique du virus permettent principalement aux chercheurs de découvrir où le virus a été détecté. Trevor Bedford, l'un des cofondateurs de Nextstrain, expliquait dans une interview pour le National Geographic que "ces mutations sont tout à fait bénignes et utiles comme pièce du puzzle pour découvrir comment le virus se propage".

Des techniques similaires avaient été utilisées pour décoder des épidémies telles que Zika ou Ebola. "Si nous revenons au virus Ebola d'il y a cinq ans, le processus a duré un an, depuis la collecte des échantillons jusqu'au séquençage des génomes et à leur partage public", explique M. Bedford. "Aujourd'hui, le délai est beaucoup plus court - de deux jours à une semaine - et la possibilité d'utiliser ces techniques en temps réel de manière à influer sur l'épidémie est nouvelle".

Les avancées de la sciences permettent donc d'augmenter la vitesse et l'efficacité avec lesquelles les outils de séquençage génétique permettent de déterminer le chemin emprunté par les virus. Grâce à ces connaissances, des stratégies de confinement ou d'atténuation peuvent ensuite être mises en place pour éviter le pire.